Fundado em 1966, foi inicialmente denominado Grupo Escolar John Kennedy, no governo de Celso de Carvalho. O Colégio Estadual John Kennedy é o resultado de uma parceria dos governos norte-americano e brasileiro: convênio estabelecido com o Estado de Sergipe, SUDENE e USAID, dentro do Programa Aliança para o Progresso.
A primeira reforma da escola acontece em 1972, resultante de convênio estabelecido com a SUDOPE ISEC - PNE. Outras reformas acontecem em 1990 e em 1996 (convênios: BIRD, MEC, SEED, CEHOP).
A escola, obviamente, recebe este nome em homenagem ao 35º presidente dos Estados Unidos da América, John Fitzgeerald Kennedy, que morreu em Boston, vítima de assassinato, em 1967 - na cidade de Dallas, capital do Texas.
A vida escolar do presidente norte-americano inicia-se na Escola de Choate. Na Universidade de Harvard fez seus estudos superiores. Seu primeiro cargo público foi no senado daquele país, estando entre os mais jovens. Assumiu a presidência dos Estados Unidos em 1961, aos 44 anos de idade, mas já com uma experiência admirável. Neste posto supremo ficou apenas três anos.
A vida escolar do presidente norte-americano inicia-se na Escola de Choate. Na Universidade de Harvard fez seus estudos superiores. Seu primeiro cargo público foi no senado daquele país, estando entre os mais jovens. Assumiu a presidência dos Estados Unidos em 1961, aos 44 anos de idade, mas já com uma experiência admirável. Neste posto supremo ficou apenas três anos.